먹다 남은 수박은 가급적 바로 냉장 보관해야 한다. 잘라 놓은 수박은 실온에 오래 두지 말고 2시간 이내에 냉장해야 하며, 기온이 32도 이상이면 이 시간을 1시간으로 줄이는 것이 권고된다.

냉장고 내부는 5도 이하로 유지하는 것이 좋다. 남은 수박은 반쪽 상태로 랩만 씌우기보다 한입 크기로 잘라 깨끗한 밀폐용기에 담아 냉장 보관해야 한다. 외부 오염이나 다른 식품과의 교차오염을 줄이는 데도 도움이 된다.

수박을 자르기 전에는 껍질을 흐르는 물에 깨끗이 씻어야 한다. 껍질에 묻은 오염물질이 칼을 통해 과육으로 옮겨갈 수 있기 때문이다. 손을 씻고 칼과 도마도 세척한 뒤 사용하는 것이 좋다.

식품의약품안전처는 자른 수박을 가급적 당일 섭취하도록 권고한다. 미국 농무부는 냉장한 자른 수박을 최대 5일 이내에 섭취하도록 안내하지만, 보관 온도와 위생 상태에 따라 변질 시점은 달라질 수 있다.

표면이 지나치게 물러졌거나 끈적임, 이상한 냄새, 곰팡이 등이 나타난 수박은 맛을 확인하지 말고 버려야 한다. 남은 수박을 냉동하면 스무디나 주스 등에 활용할 수 있지만, 해동 후에는 과육이 무르고 수분이 빠져 생과와 같은 식감을 유지하기 어렵다.