초파리는 주로 익거나 상해 발효가 진행된 과일·채소, 남은 술·음료, 음식물 찌꺼기 등 발효성 유기물에 끌려 집 안으로 들어오며 해당 장소에 산란해 번식한다. 생태적으로 효모와 발효 냄새에 반응해 모여드는 특징이 있다.

성충은 작은 체구(수밀도 1~3mm 수준)로 빠르게 번식해 알·유충·번데기 단계를 거치며 며칠 내 개체 수가 크게 늘 수 있다. 유충은 미생물·효모를 먹고 자라므로 보이는 죽은 과일 외에 바닥 틈, 가전 아래에 숨은 찌꺼기도 증식원이다.

집 안의 작은 날벌레를 모두 동일한 '초파리'로 보지 말아야 한다. 배수구에 서식하는 ‘드레인 플라이(모스·드레인 플라이)’는 날개 모양과 휴식 자세가 달라 발생원 역시 배수구의 미끄러운 유기물 층이다. 따라서 대응법도 배수구 청소 중심인지 과일·쓰레기 관리인지로 달라진다.

일상적인 예방은 과일·채소를 상온에 오래 두지 않고 냉장 보관하거나 덮개를 씌우는 것, 음식물 쓰레기통을 밀폐·수시 비우기, 행주·걸레 건조 유지, 싱크대·배수구의 유기물 제거와 정기 세척 등이다. 배수구는 솔질·효소성 배수구 클리너로 슬라임(유기물 코팅)을 제거하면 발생 억제에 도움이 된다.

이미 발생했을 때는 사과식초(또는 발효된 액체)에 중성세제 몇 방울을 떨어뜨려 표면 장력을 깨트린 트랩을 놓아 성충을 제거하고, 동시에 발생원(썩은 과일·찌꺼기·배수구 슬라임)을 제거해 재유입을 차단해야 효과가 있다. 자가 관리로도 차도가 없거나 대규모 번식이 의심되면 전문 방제업체의 점검을 받는 것을 권한다.