국내 청정수소 인증제는 수소 1㎏을 생산하는 과정에서 발생하는 온실가스 배출량을 이산화탄소환산량으로 산정해 1~4등급으로 구분한다. 인증 기준은 수소 1㎏당 4㎏CO₂e 이하이며, 등급은 배출량이 낮을수록 높다.

「청정수소 인증제도 운영에 관한 고시」 별표 1은 1등급을 0.00~0.10㎏CO₂e/㎏H₂, 2등급을 0.11~1.00, 3등급을 1.01~2.00, 4등급을 2.01~4.00으로 정한다. 인증서 발급 때는 배출량을 소수점 셋째 자리에서 반올림해 둘째 자리까지 표시한다.

배출량은 전과정평가 방식으로 계산한다. 고시는 생산 과정의 직접배출과 전기·증기 공급에 따른 간접배출, 원료·공정 연료·주요 투입물 공급 과정의 일부 간접배출 등을 산정 대상으로 둔다. 적용 가능한 경우 인증운영기관이 제공하는 기본 데이터를 사용하며, 해당 공정에 맞는 자료가 없으면 공인 데이터와 설계 자료를 활용하고 산정 근거를 제출해야 한다.

산정 범위는 고시 본문상 원료 채굴부터 수소 생산·수입까지의 과정과 국내외 운송을 포함한다. 다만 부칙 특례에 따라 별도 적용일이 정해질 때까지는 원료 채굴부터 수소 생산까지로 적용한다. 원료 조달, 포집한 이산화탄소 운송, 수소 생산 후 합성된 운송체의 해상운송에서 발생하는 선박 배출량도 같은 특례 기간에는 제외된다.

신청자는 설비확인 단계에서 배출량 산정 결과와 자료를 제출한다. 인증시험평가기관이 설비와 데이터를 심사하고, 인증운영기관이 등급을 확정해 인증서를 발급하는 구조다.