토종 종자 보전은 씨앗을 모아 저장하는 데 그치지 않는다. 채종 지역과 제공자 등 유래 정보를 기록하고, 정선·건조·발아력 검정·증식을 거쳐 저장한 뒤 활력을 확인하는 과정이 이어진다. 농촌진흥청 농업유전자원센터는 농가 재래종과 작물 야생 근연종 등을 수집해 농업유전자원으로 관리한다.

종자에는 원산지와 자원명, 제공자 정보 등 기초 자료를 함께 남긴다. 농업유전자원센터의 국가 등록 기준은 종자량이 정해진 기준을 충족하고 발아율이 85% 이상인 것이다. 센터는 종자량이 적거나 활력이 낮은 자원을 증식 대상으로 관리한다.

저장 전에는 종자를 정선하고 건조한다. 농업유전자원센터는 보존 자원의 건조 기준으로 일반 종자 수분함량 5~7%, 유지종자 3~5%를 안내한다. 센터의 중기저장고는 4℃, 장기저장고는 영하 18℃로 운영되며, 보존 목적에 따라 시설을 나눈다. 이 수치는 해당 기관의 관리 조건으로, 모든 종자에 적용되는 가정용 보관법은 아니다.

저장 이후에도 발아력 검정과 필요에 따른 증식이 뒤따른다. 농업유전자원센터는 중기 보존 자원을 5~10년, 장기 보존 자원을 10~30년 간격으로 발아 검사한다. 국립수목원도 야생식물 종자를 건조한 뒤 영하 18℃에 보관하고 활력을 확인한다.

국립수목원은 4월 13일 종자은행에 약 20년간 저장된 종자를 조사해 자생식물 202종 350점에서 발아율 60% 이상 또는 저장 초기 수준의 발아력을 확인했다고 발표했다. 조사 대상은 자생식물 336종을 포함한 총 368종 639점으로, 결과는 저장 종자의 활력이 식물종과 자원에 따라 달라질 수 있음을 보여준다. 농촌진흥청은 곡물·채소·화훼 등 농업적 이용 가치가 있는 토종 종자를 기증받아 보존하고 있다.